fixed smaller formatting issues in mesa_pd

python/mesa_pd/Module.py

python/mesa_pd/__init__.py

python/mesa_pd/data/ContactHistory.py

python/mesa_pd/data/ContactStorage.py

python/mesa_pd/data/LinkedCells.py

python/mesa_pd/data/ParticleStorage.py

python/mesa_pd/data/ShapeStorage.py

python/mesa_pd/data/SparseLinkedCells.py

python/mesa_pd/data/__init__.py

python/mesa_pd/kernel/VelocityVerlet.py

python/mesa_pd/mpi/Notifications.py

python/mesa_pd/mpi/PropertyNotification.py

python/mesa_pd/mpi/__init__.py

python/mesa_pd/utility.py